| 1 | Borussia VfL Mönchengladbach | 34 18 12 04 71 - 38 66 |
| 2 | TSG 1899 Hoffenheim | 34 17 09 08 60 - 40 60 |
| 3 | 1. FC Köln 01/07 | 34 17 09 08 62 - 44 60 |
| 4 | 1. FSV Mainz 05 | 34 16 10 08 62 - 36 58 |
| 5 | SC Freiburg | 34 15 10 09 49 - 44 55 |
| 6 | SpVgg Greuther Fürth | 34 14 10 10 53 - 47 52 |
| 7 | TSV Alemannia Aachen | 34 14 09 11 49 - 44 51 |
| 8 | SV Wehen 1926 Taunusstein | 34 11 11 12 47 - 53 44 |
| 9 | FC St. Pauli 1910 | 34 11 09 14 47 - 53 42 |
| 10 | TuS Koblenz 1911 * | 34 12 11 11 46 - 47 41 |
| 11 | TSV München 1860 | 34 09 14 11 42 - 45 41 |
| 12 | VfL 1899 Osnabrück | 34 10 10 14 43 - 54 40 |
| 13 | 1. FC Kaiserslautern | 34 09 12 13 37 - 37 39 |
| 14 | FC Augsburg | 34 10 08 16 39 - 51 38 |
| 15 | Offenbacher FC Kickers | 34 09 11 14 38 - 60 38 |
| 16 | FC Erzgebirge Aue | 34 07 11 16 49 - 57 32 |
| 17 | SC Paderborn 07 | 34 06 13 15 33 - 54 31 |
| 18 | FC Carl Zeiss Jena | 34 06 11 17 45 - 68 29 |