| 1 | 1. FC Köln 01/07 | 34 19 08 07 68 - 39 65 |
| 2 | VfL Bochum 1848 | 34 18 07 09 67 - 48 61 |
| 3 | FC Energie Cottbus | 34 18 04 12 62 - 42 58 |
| 4 | 1. FC Nürnberg | 34 15 10 09 54 - 46 55 |
| 5 | Borussia VfL Mönchengladbach | 34 14 12 08 60 - 43 54 |
| 6 | SC Rot-Weiß Oberhausen | 34 12 13 09 43 - 34 49 |
| 7 | SpVgg Greuther Fürth | 34 10 16 08 40 - 39 46 |
| 8 | TSV Alemannia Aachen | 34 12 10 12 46 - 54 46 |
| 9 | 1. FSV Mainz 05 | 34 11 12 11 41 - 42 45 |
| 10 | Hannoverscher SV 96 | 34 12 08 14 56 - 56 44 |
| 11 | Chemnitzer FC | 34 11 10 13 42 - 49 43 |
| 12 | SV Waldhof Mannheim | 34 10 12 12 50 - 56 42 |
| 13 | FC St. Pauli 1910 | 34 08 15 11 37 - 45 39 |
| 14 | SV Stuttgarter Kickers | 34 10 09 15 49 - 58 39 |
| 15 | SC Fortuna Köln | 34 08 11 15 38 - 50 35 |
| 16 | Offenbacher FC Kickers | 34 08 11 15 35 - 58 35 |
| 17 | Karlsruher SC | 34 05 12 17 35 - 56 27 |
| 18 | Berliner Tennis Club Borussia * | 34 10 10 14 42 - 50 40 |